北京市化学药企业在提高自主创新能力方面需要从多个方面着手。首先，加强科研投入是关键之举。企业应增加在科研领域的投资，建立健全的研发团队，引进优秀人才，加强国际合作，积极开展前沿技术研究，不断推动科研成果向产品转化。

其次，加强知识产权保护至关重要。企业应加强对自主创新成果的专利申请及保护工作，建立完善的知识产权管理体系，提高自主技术的核心竞争力，推动企业在市场竞争中占据有利地位。

此外，注重人才培养也是关键一环。企业应构建良好的创新文化氛围，鼓励员工参与创新活动，激发他们的创新潜能，不断提升员工的综合素质和专业技能。

最后，加强产学研合作也是提高自主创新能力的有效途径。企业可与高校、科研院所等开展深度合作，共享资源、共同攻关，实现优势互补，促进技术创新的快速发展。

总之，北京市化学药企业要提高自主创新能力，需要在科研投入、知识产权保护、人才培养和产学研合作等方面下功夫，不断提升企业的核心竞争力，实现可持续发展。